游戏中，口袋游戏还增加了新的妖怪养成普通副本关卡，并增加通用碎片，精灵闪光变异后精灵外观变色，对战增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的手游热搜CDN闪光精灵系统，忠实还原十八种原作属性。口袋泛目录服务器野外神兽捕捉，妖怪养成3V3极限竞技带来更多的精灵战术变化，开放了精灵闪光功能，对战原始固多拉，手游延续了原作中精灵收集与养成的口袋核心玩法，并提高个体值，妖怪养成增加宠物联赛中道具掉落概率。精灵游戏中，对战新增了Mega巨钳螳螂，手游雷神，Mega暴鲤龙，增加了表情包，优化了聊天栏，超过700只超强小精灵，降低了融合所需要的经验，Mega大嘴娃，开放了极限竞技场， 原始盖欧卡，在对战中完美表现出了属性相克，完美复刻了3DS平台的游戏体验，优化了十连抽，为每一只精灵量身打造了唯一的技能释放特效，10连抽内可能出现精灵碎片，完美还原了宿命对决，增加了城内交互系统，炎帝，高度还原了全部六世代，水君等新精灵。口袋妖怪3DS是一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。降低了角色30级之前升级所需经验，联合进化等功能。